En la Universidad Javeriana, en la mayoría de las facultades funciona, junto con la Académica, la decanatura del Medio Universitario. Tiene como función propender por la difusión de la espiritualidad cristiana y de la pedagogía Ignaciana propias de la Compañía de Jesús en la formación de estudiantes y en toda la actividad académica que emprende. Esta pedagogía tiene como unas de sus finalidades desarrollar armónicamente todas las dimensiones del ser humano: espirituales, afectivas, corporales y estéticas, con lo cual se pretende formar seres humanos integrales.

El decano del Medio Universitario propende por el fortalecimeinto de la comunidad universitaria, la cual está integrada por directivas, profesores, personal administrativo y estudiantes.

El Medio Universitario también es la instancia que en la Facultad propende por el desarrollo deun clima favorable a las actividades académicas. Se preocupa por el fortalecimiento y atención de la comunidad académica de la Facultad y por sus relaciones con los centros que dirige la Vicerrectoría del Medio Universitario: El de Espiritualidad Francisco Javier, el de Asesoría Psicológica, el de Gestión Cultural y el Centro Javeriano de Formación Deportiva. Su dirección está a cargo del Vicerrector del Medio Universitario, quien es corresponsable también de la dirección general de la Universidad.

El decano del Medio apoya las iniciativas de estudiantes organizados en grupos y organiza convivencias y retiros que exalten cualidades de liderazgo, el desarrollo de la dimensión espritual, iniciativas de paz y trabajos comunitarios. Propende por la formación integral de estudiantes de pregrado y postgrado.

Actualmente, la Decanatura del Medio apoya varios grupos bajo la iniciativa y animación de los estudiantes: los grupos Abisinia (antes 250° de Literatura) y Latitud Colombia, el Grupo de Teatro, la revista estudiantil Fractales y los equipos deportivos.