La Rectoría de la Pontificia Universidad Javeriana se encuentra ubicada en el sexto piso del Edificio Emilio Arango, S.J.
De ella dependen la Secretaría Privada, la Secretaría General, la Secretaría de Relaciones con Egresados, la Secretaría de Asuntos Internacionales y la Secretaría de Planeación.
También se adscriben a la Rectoría la Dirección Jurídica, la Oficina de Comunicación, la Oficina de Recaudación de Fondos por Donaciones y la Oficina de Protocolo.
El Rector cuenta con una Asistencia para becas a estudiantiles y proyectos de responsabilidad social .
El Archivo Universitario Javeriano depende de la Secretaría General.
