La Facultad de Odontología ofrece desde 1.975 el programa de Periodoncia, dirigido a odontólogos egresados de una Universidad debidamente acreditada, y confiere el titulo de especialista a quienes cumplan y aprueben debidamente los requisitos exigidos durante el programa de especialización.
El postgrado de Periodoncia de la Facultad de Odontología de la Universidad Javeriana, obtuvo en Diciembre de 2.005, el registro calificado otorgado por el Ministerio de Educación Nacional por un periodo de siete años. Este organismo que vigila y controla la calidad de la educación en el país reconoció así, la calidad del programa académico, el destacado grupo de docentes, la infraestructura de la planta física del campus universitario y de las áreas clínicas de la Facultad, asi como del proceso de selección y admisión.
Los programas que ofrece la Universidad Javeriana se rigen bajo los estatutos y reglamentos vigentes enmarcados en los principios éticos y morales contenidos en la Misión, Vision y Proyecto Educativo; pretendiendo así, la formación de Periodoncistas con las más altas calidades éticas, académicas, científicas, y humanas.
El programa académico estructurado en contenidos teoricos, clinicos y de investigación, con practica docente, lo cual le permite flexibilizar el currículo, promoviendo la formación de un especialista con profundo sentido clínico interdisciplinario, soportado en los principios biológicos necesarios para la fundamentación de la prevención, control de factores de riesgo, diagnóstico , tratamiento y manejo de secuelas de las enfermedades periodontales, y de las alteraciones estéticas que se generen. Lo cual se logra mediante la revisión teórica basada en la literatura científica, atención de pacientes con alto nivel de compromiso periodontal, y con necesidades de otras especialidades haciendo un manejo integral. Además, el conocimiento de la forma de realizar investigación, ampliando las fronteras de la ciencia. . Dentro de la formación en implantología, el programa tiene tres niveles teóricos de conceptualización, entrenamiento en el análisis y estudio de casos clínicos de diferentes niveles de complejidad y la realización de procedimientos quirúrgicos de implantología dental básica en ayudantías y practica dirigida por los tutores, y el manejo interdisciplinario encaminado al tratamiento del edentulismo parcial y total.
La formación del especialista exige la dedicación exclusiva del alumno a las actividades del plan de estudios durante dos años.