El Departamento busca desarrollar y aplicar desde una perspectiva científica, una aproximación integrada al análisis, la planificación y la gestión del territorio. Entre los aspectos fundamentales está el comprender el efecto que tienen y han tenido históricamente, los procesos biofísicos y las actividades humanas en la configuración y el funcionamiento de los ecosistemas y el territorio, y su relación con la problemática ambiental y el desarrollo.

El Departamento aborda áreas temáticas propias propuestas por los profesores pertenecientes al departamento; y otras a partir de la vinculación de investigadores y docentes externos; y se desarrollan en ámbitos públicos y privados dentro y fuera del campus universitario.

Incluye principalmente:

- Investigación
- Consultoría
- Oferta de servicios especializados
- Docencia.

• Proyectos de investigación y Consultoría con entidades públicas y privadas desarrollados directamente y a través del IDEADE - Instituto de Estudios Ambientales.

• Oferta de servicios relacionados con sistemas de información geográfica, a través del Centro de Investigaciones en Geoinformática - CIG 

• Desarrollo y apoyo directo a procesos de Gestión ambiental del Campus Universitario.

• Desarrollo de Proyectos de presupuesto social, definidos por la Pontificia Universidad Javeriana.

• Educación continua a través del IDEADE y del centro de educación continua de la Universidad.

• Participación con otros grupos de investigación y redes temáticas.

Algunas de actividades Investigativas, de consultoría y educación continua se realizan en coordinación con el Instituto de Estudios Ambientales para el Desarrollo IDEADE, el Centro de Investigaciones en Geoinformática CIG y con otras dependencias de la universidad y bajo convenios con y para instituciones privadas y públicas externas.

El departamento ofrece asignaturas del núcleo de formación profesional, énfasis y electivas para la carrera de ecología y asignaturas de libre elección tanto para dicha carrera como para los programas académicos de toda la Universidad. También presta servicios docentes específicos para la maestría en Gestión ambiental, Arquitectura y diseño, Biología y Enfermería.

Los profesores del Departamento han desarrollado diferentes Proyectos, entre los cuales se cuentan los siguientes:

• Variación en los patrones de Herbívora en Quercus humboldtii en relación con perturbaciones antrópicas (2007-2009)

• Estudio de las quemas en las sabanas de los Llanos y su contribución al cambio climático global por las emisiones de CO2 (2007- 2009).

• Análisis general espacializado de huella ecológica en los paisajes colombianos (2006-2009).

• Caracterización de la vegetación, árboles y arbustos más comunes, del bosque seco tropical del valle del Magdalena: su distribución, ecología y uso (2006-2008).

• Inclusión de criterios de biodiversidad en el marco de Planes y Esquemas de Ordenamiento Territorial (2005).

• Mecanismo de reducción de presión sobre especies forestales valiosas y ecosistemas relictuales (Valle del Río Cimitarra) (2005).

• El ecoturismo y su evolución en el medio colombiano 2005.

• Biodiversidad y desarrollo en eco-regiones estratégicas de Colombia: Orinoquia (2004-2005).

• Ecología: Métodos de muestreo de poblaciones y comunidades (2005).

• Plan de manejo y uso sostenible de la jurisdicción de CARDIQUE. Convenio Corporación Autónoma Regional del Canal del Dique (CARDIQUE) – Universidad Javeriana. 2005.

• El componente Forestal en diversos sistemas de interacción antrópica en el valle del Río Magdalena. 2003 – 2005.

• Propuesta de zonificación forestal para la región Caribe Colombiana. Convenio FEDECAUCHO – Universidad Javeriana. 2002.