Para su gobierno el Instituto cuenta con un consejo integrado por los decanos de las facultades de Medicina, Filosofía, Psicología, Teología, Ciencias y Ciencias Jurídicos de la Universidad, un representante de los profesores-investigadores y un representante de los estudiantes de la Maestría en Bioética. El Consejo se reúne semestralmente por solicitud del Director del Instituto y define sus orientaciones para impulsar la agenda académica del Instituto.
